Proyecto final

Fecha y hora límite de entrega

Sábado 10 de diciembre de 2022, 11:59 p.m.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Objetivos

Cada estudiante debe mostrar que es capaz de:

  1. Desarrollar programas en el lenguaje R y documentos en el sistema de publicación científica y técnica Quarto.
  2. Implementar tablas, gráficos y mapas con las bibliotecas DT, ggplot2, plotly, sf y leaflet.
  3. Desarrollar aplicaciones interactivas con la biblioteca Shiny que contengan widgets (controles) para controlar el comportamiento de tablas, gráficos y mapas.

Entregables

Dirección de un repositorio en GitHub que contenga el código, los datos, la documentación y la dirección web de una aplicación Shiny que permita visualizar datos de registros de presencia de especies mediante tablas, gráficos y mapas. Los registros de presencia deben ser de un grupo taxonómico (i.e. un conjunto de especies) y de un área geográfica (uno o varios países) de su elección.

Específicamente, el repositorio debe contener:

  1. El código fuente necesario para generar las salidas especificadas en la sección Desarrollo.
  2. Un directorio con archivos de datos.
  3. Un archivo README.md con:
    1. Una breve descripción (no mayor a 200 palabras) del contenido del repositorio. Si lo desea, puede incluir su interpretación de los resultados.
    2. Una mención y un enlace a las fuentes de los datos (ej. DOI de las consultas al portal de GBIF, fuentes de datos geoespaciales).
    3. Un enlace a la aplicación Shiny publicada en shinyapps.io.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Consideraciones adicionales

Esta tarea puede realizarse en parejas o de manera individual. Si es en pareja, solo un integrante debe realizar la entrega e indicar el nombre del otro integrante en Mediación Virtual.

Desarrollo

Debe desarrollar una aplicación Shiny que utilice los siguientes conjuntos de datos:

  1. Un conjunto de registros de presencia de especies, agrupados por la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF). Puede buscar y descargar, en formato CSV, los registros en el portal de GBIF (https://www.gbif.org/occurrence/search). Elija las especies (géneros, familias, etc.) con las que desea trabajar. Se recomienda utilizar, al menos, los siguientes filtros en el portal:

    • Occurrence status: Present
    • Scientific name: lista de especies, géneros, familias, etc. de su elección. Debe incluir, por lo menos, cuatro especies y deben ser diferentes a las de los ejemplos vistos en clase.
    • Location: Including coordinates
    • Country or area: lista de países de su elección. Pueden ser uno o varios.

Se recomienda que el número de registros de presencia no sea demasiado grande. Puede empezar probando con 10000 registros o menos e incrementar paulatinamente esa cantidad, si es necesario.

  1. Un conjunto de polígonos correspondientes a alguna zonificación del área de estudio (ej. división territorial administrativa, áreas silvestres protegidas, zonas de vida, etc.). Puede encontrar este tipo de datos en varios sitios como, por ejemplo, el Sistema Nacional de Información Territorial (SNIT), GADM o Natural Earth.

Debe cargar los datos en R y realizar las conversiones y preparaciones necesarias, por ejemplo:

  • Conversiones de tipos (ej. fechas).
  • Manejo de codificaciones de caracteres (locales).
  • Eliminación de columnas no necesarias.
  • Eliminación de filas no necesarias.
  • Cambio de nombres de columnas.
  • Manejo de valores nulos.

Luego, debe implementar las siguientes salidas en la aplicación Shiny:

  1. Una tabla que muestre los registros de presencia. Incluya, al menos, las columnas: especie (species), provincia (stateProvince), localidad (locality), provincia o estado (stateProvince), fecha (eventDate).

    • Los encabezados de las columnas en la tabla deben estar correctamente escritos (ej. con tildes), pero no deben alterarse los nombres de las columnas del conjunto de datos. Sugerencia: utilice el argumento colnames de la función DT::datatable().
    • Los controles de la tabla deben estar en español.

  2. Un gráfico de barras apiladas que muestre la cantidad de registros por especie en cada mes del año. El gráfico debe tener 12 barras (una por mes) y cada barra debe estar dividida en un máximo de seis partes (una por especie).

    • Las barras deben estar ordenadas de enero a diciembre.
    • El gráfico debe tener título, etiqueta para el eje X y etiqueta para el eje Y.
    • Los controles del gráfico deben estar en español.

  3. Un mapa con:

    • Dos capas base.
    • La capa de polígonos. La ventana emergente (popup) debe mostrar el nombre del polígono (provincia, departamento, ASP, etc.) al hacer clic sobre el polígono.
    • La capa de puntos de registros de presencia. La ventana emergente (popup) debe mostrar el nombre de la especie, la provincia, la localidad y la fecha.
    • Un control para activar y desactivar las capas.

  4. El siguiente conjunto de widgets de listas de selección (selectInput()) para filtrar las tablas, gráficos y mapas:

    • Especie (con una opción de “Todas” para ignorar este filtro).
    • Año (con una opción de “Todos” para ignorar este filtro).
    • Provincia (o equivalente: estado, departamento, etc.; con una opción de “Todas” para ignorar este filtro).

La tabla, el gráfico y el mapa deben reflejar los filtros seleccionados por el usuario. Los valores de las listas deben estar ordenados alfabéticamente.

Las tablas deben generarse con DT. Los gráficos deben generarse con ggplot2 y convertirse a plotly con la función ggplotly(), para que sean interactivos. Los mapas deben implementarse con leaflet.

Siga los siguientes lineamientos:

  • El código en R y sus salidas deben ser legibles y bien presentados.
  • Incluya solamente el código necesario para generar los resultados. No incluya pruebas o resultados intermedios. Puede utilizar opciones en los bloque de código de Quarto como warning, message y code-fold para evitar el despliegue de mensajes y advertencias, así como para ocultar el código, si lo considera conveniente.
  • Agregue texto en Markdown para darle estructura al documento e incluir las explicaciones que considere necesarias.

Calificación

Entre paréntesis, se muestra el porcentaje correspondiente a cada aspecto que se calificará:

  • Estructura y legibilidad del código fuente (5%).
  • Inclusión de los archivos de datos en el repositorio (5%).
  • Inclusión del archivo README.md, con el contenido descrito en la sección Entregables (5%).
  • Preparación de los archivos de datos (5%).
  • Tabla con registros de presencia de especies (5%).
  • Gráfico de barras apiladas (20%).
  • Mapa (25%).
  • widgets de listas de selección (30%).