Tarea 03

Fecha y hora límite de entrega

Lunes 21 de noviembre de 2022, 02:59 p.m.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Objetivos

Cada estudiante debe mostrar que es capaz de:

  1. Desarrollar programas en el lenguaje R y documentos en el sistema de publicación científica y técnica Quarto.
  2. Implementar tablas, gráficos y mapas con las bibliotecas DT, ggplot2, plotly y sf.
  3. Publicar resultados en la Web, junto con el código y los datos que los generan.

Entregables

Dirección de un repositorio en GitHub que contenga código, datos y documentación. También debe publicar el repositorio como un sitio GitHub Pages.

Específicamente, el repositorio debe contener:

  1. Un documento Quarto con el código en R necesario para generar las salidas especificadas en la sección Desarrollo.
  2. Un directorio con archivos de datos.
  3. Un archivo README.md con:
    1. Una breve descripción (no mayor a 200 palabras) del contenido del repositorio. Si lo desea, puede incluir su interpretación de los resultados.
    2. Una mención y un enlace a las fuentes de los datos (ej. DOI de las consultas al portal de GBIF, fuentes de datos geoespaciales).
    3. Un enlace a un sitio en GitHub Pages con el documento Quarto publicado como una página HTML.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Consideraciones adicionales

Esta tarea puede realizarse en parejas o de manera individual. Si es en pareja, solo un integrante debe realizar la entrega e indicar el nombre del otro integrante en Mediación Virtual.

Desarrollo

Debe desarrollar un documento en Quarto, con bloques de código en R, que utilicen los siguientes conjuntos de datos:

Debe cargar los datos en R y realizar las conversiones y preparaciones necesarias, por ejemplo:

  • Conversiones de tipos (ej. fechas).
  • Manejo de codificaciones de caracteres (locales).
  • Eliminación de columnas no necesarias.
  • Eliminación de filas no necesarias.
  • Cambio de nombres de columnas.

Luego, debe implementar las siguientes salidas:

  1. Una tabla que muestre los registros de presencia de felinos. Incluya las columnas: especie (species), provincia (stateProvince), localidad (locality), fecha (eventDate).

  2. Un gráfico de barras apiladas que muestre la cantidad de registros por especie en cada mes del año. El gráfico debe tener 12 barras (una por mes) y cada barra debe estar dividida en un máximo de seis partes (una por especie). Las barras deben estar ordenadas de enero a diciembre.

  3. Un mapa que muestre las siguientes cinco capas:

  • Dos capas base (ej. OpenStreetMap).
  • Capa raster de altitud de Costa Rica.
  • Capa de polígonos de ASP de Costa Rica. La ventana emergente (popup) debe mostrar el nombre del ASP al hacer clic sobre el polígono.
  • Capa de puntos de registros de presencia de felinos. La ventana emergente (popup) debe mostrar el nombre de la especie, la provincia, la localidad y la fecha.

Las tablas deben generarse con DT. Los gráficos deben generarse con ggplot2 y convertirse a plotly con la función ggplotly(), para que sean interactivos en la página web que se entregue. Los mapas deben implementarse con leaflet.

Considere este proyecto como un breve artículo de análisis de datos y siga los siguientes lineamientos:

  • El código en R y sus salidas deben ser legibles y bien presentados.
  • Incluya solamente el código necesario para generar los resultados. No incluya pruebas o resultados intermedios. Puede utilizar opciones en los bloque de código de Quarto como warning, message y code-fold para evitar el despliegue de mensajes y advertencias, así como para ocultar el código, si lo considera conveniente.
  • Agregue texto en Markdown para darle estructura al documento e incluir las explicaciones que considere necesarias.
  • Para cada gráfico, incluya un título y etiquetas para los ejes x e y.
  • Los mapas deben tener un control de capas.

Calificación

Entre paréntesis, se muestra el porcentaje correspondiente a cada aspecto que se calificará:

  • Estructura y legibilidad del documento Quarto (10%).
  • Inclusión de los archivos de datos en el repositorio (5%).
  • Inclusión del archivo README.md, con el contenido descrito en la sección Entregables (5%).
  • Preparación de los archivos de datos (5%).
  • Tabla con registros de presencia de especies (10%).
  • Gráfico de barras apiladas (30%).
  • Mapa (35%).