Tarea 02

Fecha y hora límite de entrega

Lunes 7 de noviembre de 2022, 02:59 p.m.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Objetivos

Cada estudiante debe mostrar que es capaz de:

  1. Desarrollar programas en el lenguaje R y documentos en el sistema de publicación científica y técnica Quarto.
  2. Implementar tablas y gráficos con las bibliotecas DT, ggplot2 y plotly.
  3. Publicar resultados en la Web, junto con el código y los datos que los generan.

Entregables

Dirección de un repositorio en GitHub que contenga código, datos y documentación. También debe publicar el repositorio como un sitio GitHub Pages.

Específicamente, el repositorio debe contener:

  1. Un documento Quarto con el código en R necesario para generar las salidas especificadas en la sección Desarrollo.
  2. Un directorio con archivos de datos.
  3. Un archivo README.md con:
    1. Una breve descripción (no mayor a 200 palabras) del contenido del repositorio. Si lo desea, puede incluir su interpretación de los resultados.
    2. Una mención y un enlace a la fuente de los datos.
    3. Un enlace a un sitio en GitHub Pages con el documento Quarto publicado como una página HTML.

La entrega debe realizarse a través de la plataforma Mediación Virtual.

Consideraciones adicionales

Esta tarea puede realizarse en parejas o de manera individual. Si es en pareja, solo un integrante debe realizar la entrega e indicar el nombre del otro integrante en Mediación Virtual.

Desarrollo

Debe desarrollar un documento en Quarto, con bloques de código en R, que utilice los datos de COVID en Costa Rica al 30 de mayo de 2022, disponibles en https://oges.ministeriodesalud.go.cr/. Los archivos necesarios son:

  • Cantidades diarias de casos a nivel nacional: 05_30_22_CSV_GENERAL.csv
  • Cantidades de casos por cantón: 05_30_22_CSV_POSITIVOS.csv

Alternativamente, puede descargar los archivos de los siguientes enlaces:

Debe cargar los datos en los archivos CSV a data frames de R y prepararlos mediante:

  • Conversiones de tipos (ej. fechas).
  • Manejo de codificaciones de caracteres (locales).
  • Eliminación de columnas no necesarias.
  • Eliminación de filas no necesarias.
  • Cambio de nombres de columnas.

Luego, debe implementar las siguientes salidas:

  1. Una tabla que muestre datos diarios de COVID (del archivo 05_30_22_CSV_GENERAL.csv). Incluya las columnas: fecha, casos positivos acumulados de hombres (hom_posi), casos positivos acumulados de mujeres (muj_posi), casos positivos acumulados de menores (menor_posi), casos positivos acumulados de adultos (adul_posi), casos positivos acumulados de adultos mayores (am_posi) y casos positivos nuevos (nue_posi).

  2. Un gráfico de barras que muestre la cantidad de casos positivos nuevos por día. Es decir, debe contener una barra por cada día, desde el 2020-06-03 hasta el 2022-05-30.

  3. Un gráfico de líneas que muestre la evolución a través del tiempo de los casos positivos acumulados de hombres y de los casos positivos acumulados de mujeres.

  4. Un gráfico de líneas que muestre la evolución a través del tiempo de los casos positivos acumulados de menores, los casos positivos acumulados de adultos y de los casos positivos acumulados de adultos mayores.

  5. Una tabla que muestre la cantidad casos positivos en cantones. Incluya las columnas provincia (provincia), cantón (canton) y casos al 2022-05-30 (30/05/2022). No incluya la fila de “Otros” o la que contiene valores nulos.

  6. Un histograma que muestre la distribución de los casos positivos en cantones.

Las tablas deben generarse con DT. Los gráficos deben generarse con ggplot2 y convertirse a plotly con la función ggplotly(), para que sean interactivos en la página web que se entregue.

Considere este proyecto como un breve artículo de análisis de datos y siga los siguientes lineamientos:

  • El código en R y sus salidas deben ser legibles y bien presentados.
  • Procure incluir solamente el código necesario para generar los resultados.
  • Agregue texto en Markdown para darle estructura al documento e incluir las explicaciones que considere necesarias.
  • Para cada gráfico, incluya un título y etiquetas para los ejes x e y.

Calificación

Entre paréntesis, se muestra el porcentaje correspondiente a cada aspecto que se calificará:

  • Estructura y legibilidad del documento Quarto (5%).
  • Inclusión de los archivos de datos en el repositorio (5%).
  • Inclusión del archivo README.md, con el contenido descrito en la sección Entregables (5%).
  • Preparación de los archivos de datos (5%).
  • Tabla con datos de casos por día (10%).
  • Tabla con datos de casos por cantón (10%).
  • Gráfico de barras (15%).
  • Gráfico de líneas de casos por sexo (15%).
  • Gráfico de líneas de casos por edad (15%).
  • Histograma (15%).